Lapisan endoderm yang terbentuk pada fase embrionik dalam perkembangan selanjutnya mengalami diferensiasi menjadi.

Pada fase ini mulai terjadi diferensiasi dan organogenesis pada struktur dan fungsi set untuk menjadi jaringan yang spesifik. Proses ini dikendalikan oleh faktor hereditas (gen) yang dibawa pada saat terjadi pembentukan kutub fungsional dan kutub vegetatif. Pada akhirnya masing-masing bagian endoderm, mesoderm, dan ektoderm akan mengalami diferensiasi menjadi organ-organ sebagai berikut.

• Ektoderm akan mengalami diferensiasi menjadi epidermis, rambut, kelenjar minyak, kelenjar keringat, email gigi, sistem saraf, dan saraf reseptor.

• Mesoderm akan mengalami diferensiasi menjadi tulang, jaringan ikat, otot, sistem peredaran darah, sistem ekskresi misalnya duktus deferens, dan sistem reproduksi.

• Endoderm akan mengalami diferensiasi menjadi jaringan epitel pencernaan, sistem pernapasan, pankreas dan hati, serta kelenjar gondok.